بسبب تداخل الاختصاصات وتعدد مراكز القرار في الشأن الكمركي للمنافذ الحدودية، ماتزال الهيئة العامة للكمارك تعاني من انخفاض مضطرب في ايراداتها المالية والتي تنعكس سلباً في ايراد الدولة العام، بسبب تدخل جهات ومؤسسات حكومية اخرى في عمل الهيئة، وفرض تعريفات مخفّضة على نشاطاتها ورسومها مما اظهر انخفاضا كبيرا في العائدات وبمعدل خسارة يبلغ اكثر من مليار دينار شهريا، وبدا ذلك كاوضح مايكون في عائدات رسوم اجهزة السونار و الميزان الجسري اللذين جرى تخفيضهما بموجب اقتراح بعض الجهات على الرغم من انها ليست جهة اختصاص مباشرة، ومخالفة لقانون الكمارك رقم 23 لسنة 1984 والذي ينص: ( تحدد بقرار من وزير المالية الرسوم والاجور المشار اليها وشروط استيفائها وحالات تخفيضها والاعفاء منها).
وقد اوعز السيد وزير المالية باعادة حاكمية الهيئة العامة للكمارك على هذا الجانب من عملها وانهاء تدخلات المؤسسات الاخرى فيها استنادا الى القانون آنف الذكر، مما يعد بعودة ايرادات الهيئة العامة للكمارك الى سابق عهدها في الانتعاش وتعظيم الايرادات رفدا لميزانية الدولة والمال العام.